Badan pengelolaan Keuangan dan Aset Daerah Kabupaten Berau dibentuk berdasarkan Peraturan Daerah Kabupten Berau Nomor 1 Tahun 2015 tentang Perubahan ketiga atas Peraturan Daerah kabupaten Berau Nomor 10 Tahun 2008 tentang Pembentukan dan Organisasi Lembaga Teknis Daerah.
Badan Pengelolaan Keuangan dan Aset Daerah Kabupaten Berau sebelumnya digabung dengan Dinas Pendapatan Daerah Kabupaten Berau dengan nomerkaltur SKPD Dinas Pendapatan, Pengelolaan Keuangan dan Kekayaan. Namun sejak tanggal 28 Januari 2015 sebagaimana dasar pembentukan SKPD tersebut diatas, maka di pecah dua yaitu Dinas Pendapatan Daerah dan Badan Pengelolaan Keuangan dan Aset Daerah merupakan unsur pedukung penyelenggaraan pemerintah daerah, yang dipimpin oleh Kepala Badan, berkedudukan dibawah dan bertanggungjawab kepada Bupati memalui Sekretaris Daerah. Badan Pengelolaan Keuangan dan Aset Daerah mempunyai tugas melaksanakan penyusunan dan pelaksanaan kebijakan daerah dibidang pengelolaan keuangan dan aset daerah.
